某企業(yè)2013年企業(yè)所得稅年度納稅申報的應(yīng)納稅所得額為-120萬元（假定以前年度均盈利并繳納企業(yè)所得稅）。2014年7月稅務(wù)機關(guān)對該企業(yè)的2013年度納稅情況進行稅務(wù)稽查發(fā)現(xiàn)如下問題：
（1）2013年度6月企業(yè)以上年工資總額的10%標準為全體職工支付補充養(yǎng)老保險，合計30萬元，計入“管理費用”，12月進行賬務(wù)調(diào)整，將超過2013年職工工資總額的5%部分12萬元調(diào)整計入“應(yīng)付職工薪酬-應(yīng)付職工福利費”。因當年實際發(fā)生的職工福利費用未超過規(guī)定標準，2013年企業(yè)所得稅年度納稅申報時，未作納稅調(diào)整。
（2）2011年已作為“壞賬損失”稅前扣除的應(yīng)收賬款30萬元，于2013年8月重新收回，企業(yè)將收到款項計入“其他應(yīng)付款”，2013年企業(yè)所得稅年度納稅申報時未繳納企業(yè)所得稅。
（3）2013年7月，拒收供貨方提供的預(yù)定貨物，向供貨方支付違約金4萬元，企業(yè)計入“營業(yè)外支出”，2013年企業(yè)所得稅年度納稅申報時未作納稅調(diào)整增加。
針對上述問題，稅務(wù)稽查部門，作出如下決定，并于2014年8月制作《稅務(wù)處理決定書》、《稅務(wù)行政處罰告知書》通知該企業(yè)：調(diào)增該企業(yè)2013年度企業(yè)所得稅所得額46萬元，分別為：超過當年職工工資標準的5%補充養(yǎng)老保險部分計12萬元不允許在企業(yè)所得稅稅前扣除、以前年度已作資產(chǎn)損失當年收回的30萬元應(yīng)計入所得額、支付供貨方違約金4萬元不允許稅前扣除。同時作出補稅、罰款和加收滯納金的決定：對調(diào)增的所得額按適用稅率應(yīng)補繳企業(yè)所得稅11.5萬元，自2014年1月1日起按日加收萬分之五的滯納金和按應(yīng)補稅額處以0.5倍的罰款。企業(yè)未提出聽證的要求，稅務(wù)局下達《稅務(wù)行政處罰決定書》。
問題：稅務(wù)機關(guān)對該企業(yè)2013年企業(yè)所得稅作出的補稅（或追繳）、罰款和加收滯納金的處理有哪些方面不當？并說明理由。
