擬訂水利工程移民有關(guān)政策并監(jiān)督實施，組織實施水利工程（）、（）等制度。指導(dǎo)監(jiān)督水庫移民后期扶持政策的實施，協(xié)調(diào)監(jiān)督三峽工程、南水北調(diào)工程移民后期扶持工作，協(xié)調(diào)推動對口支援等工作。

開展水利科技和外事工作。組織開展水利行業(yè)質(zhì)量監(jiān)督工作，擬訂水利行業(yè)的（）并監(jiān)督實施。辦理國際河流有關(guān)涉外事務(wù)。

組織實施具有控制性的和跨區(qū)域跨流域的重要水利工程建設(shè)與運行管理。組織提出并協(xié)調(diào)落實（）和的有關(guān)政策措施，指導(dǎo)監(jiān)督工程安全運行，組織工程驗收有關(guān)工作，督促指導(dǎo)地方配套工程建設(shè)。

調(diào)水管理司

擬訂水利戰(zhàn)略規(guī)劃，組織編制重大水利（），審核重大水利建設(shè)項目建議書、可行性研究報告和初步設(shè)計。

指導(dǎo)水利工程建設(shè)管理，制定有關(guān)制度并組織實施。組織指導(dǎo)水利工程蓄水安全鑒定和驗收，指導(dǎo)（）。指導(dǎo)水利建設(shè)市場的監(jiān)督管理和水利建設(shè)市場信用體系建設(shè)。

指導(dǎo)水利設(shè)施的管理、保護(hù)和綜合利用，組織編制水庫運行調(diào)度規(guī)程，指導(dǎo)（）、水閘等水利工程的運行管理與劃界。

南水北調(diào)工程管理司

負(fù)責(zé)落實綜合防災(zāi)減災(zāi)規(guī)劃相關(guān)要求，組織編制（）和（）。承擔(dān)水情旱情監(jiān)測預(yù)警工作。

承擔(dān)實施最嚴(yán)格水資源管理制度相關(guān)工作，組織實施（）、水資源論證等制度，指導(dǎo)開展水資源有償使用工作。