用枝長表示進(jìn)化時間的系統(tǒng)樹稱為系統(tǒng)發(fā)育圖，是引入時間概念的支序圖。

指在進(jìn)化樹上任何一個分支節(jié)點，一個父分支都只能被分成兩個子分支。

通過一組相關(guān)的基因或者蛋白質(zhì)的多序列比對或其他性狀，可以研究推斷不同物種或基因之間的進(jìn)化關(guān)系。

認(rèn)為分子進(jìn)化速率是恒定的或者幾乎恒定的假說，從而可以通過分子進(jìn)化推斷出物種起源的時間。

通過序列的相似性檢索得到許多相似性序列，將這些序列做一個總體的比對，以觀察它們在結(jié)構(gòu)上的異同，來回答大量的生物學(xué)問題。