在離子色譜分析中，若水負峰的保留時間與待測離子的保留時間相同或接近時，就會產生干擾。

《環(huán)境空氣和廢氣 氯化氫的測定 離子色譜法》（HJ 549-2016）采用堿性吸收液吸收固定污染源廢氣和無組織排放樣品中的氯化氫。

采用《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）測定環(huán)境空氣降塵中的水溶性陰離子時，為了防止樣品變質或冰凍，須在集塵缸內加入硫酸銅、防凍液等。

《水質 無機陰離子（F-、Cl-、NO-2、Br-、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO42-4）的測定 離子色譜法》（HJ 84-2016）質量保證和質量控制規(guī)定，空白試驗結果應低于方法檢出限，否則應查明原因，重新分析直至合格之后才能測定樣品。

采用《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）測定環(huán)境空氣顆粒物中水溶性陰離子時，顆粒物濾膜實驗室空白試樣的制備是將與樣品采集同批次的空白濾膜帶至采樣現(xiàn)場，不采集顆粒物樣品，按照樣品的運輸和保存要求，與樣品一起帶回實驗室，按照與顆粒物濾膜試樣的制備相同步驟制備。

《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）的樣品運輸和保存規(guī)定，環(huán)境空氣顆粒物濾膜樣品在運輸和保存時應存放于濾膜盒中，避免折疊或擠壓；并在無刺激性氣體、避免陽光照射的環(huán)境條件下，置于4℃以下保存。

《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）適用于環(huán)境空氣顆粒物（包括TSP、PM10、PM2.5、降塵等）中水溶性陰離子的測定，也適用于在特殊天氣下，采集的顆粒物（如沙塵氣溶膠和沙塵暴降塵）樣品的分析。

用離子色譜法測定廢氣中硫酸霧時，當樣品中含有鈣、鍶、鎂、銅、鐵等金屬陽離子時可以通過陰離子樹脂柱交換處理的方法，除去干擾。

根據(jù)《水質 碘化物的測定 離子色譜法》（HJ 778-2015）的質量保證和質量控制規(guī)定，每批試劑做一次試劑空白試驗，試劑空白試驗結果應低于方法檢出限。

《水質 無機陰離子（F-、Cl-、NO-2、Br-、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO42-4）的測定 離子色譜法》（HJ 84-2016）樣品的采集和保存規(guī)定，采集的樣品應盡快分析。若不能及時測定，于4℃以下冷藏、避光保存，測定前過濾。