水庫移民司

負責(zé)機關(guān)日常運轉(zhuǎn)工作，承擔(dān)信息、安全、保密、信訪、（）等工作。

三峽工程管理司

開展水利科技和外事工作。組織開展水利行業(yè)質(zhì)量監(jiān)督工作，擬訂水利行業(yè)的（）并監(jiān)督實施。辦理國際河流有關(guān)涉外事務(wù)。

指導(dǎo)水利工程建設(shè)管理，制定有關(guān)制度并組織實施。組織指導(dǎo)水利工程蓄水安全鑒定和驗收，指導(dǎo)（）。指導(dǎo)水利建設(shè)市場的監(jiān)督管理和水利建設(shè)市場信用體系建設(shè)。

擬訂節(jié)約用水政策，組織編制節(jié)約用水規(guī)劃并監(jiān)督實施，組織制定有關(guān)標(biāo)準(zhǔn)。組織實施（），指導(dǎo)和推動節(jié)水型社會建設(shè)工作。

國際合作與科技司

編制部門預(yù)算并組織實施，承擔(dān)財務(wù)管理和資產(chǎn)管理工作。組織提出中央水利財政資金安排建議，并統(tǒng)籌協(xié)調(diào)項目實施的監(jiān)督管理和績效評價。提出有關(guān)（）、信貸的建議。

指導(dǎo)水利設(shè)施的管理、保護和綜合利用，組織編制水庫運行調(diào)度規(guī)程，指導(dǎo)（）、水閘等水利工程的運行管理與劃界。

水旱災(zāi)害防御司