指導水利設施的管理、保護和綜合利用，組織編制水庫運行調度規(guī)程，指導（）、水閘等水利工程的運行管理與劃界。

組織開展大中型灌排工程建設與改造。指導農村飲水安全工程建設管理工作，指導（）有關工作。（）工作。指導農村水利改革創(chuàng)新和社會化服務體系建設。指導農村水能資源開發(fā)、小水電改造和水電農村電氣化工作。

水庫移民司

監(jiān)督司

指導水利工程建設管理，制定有關制度并組織實施。組織指導水利工程蓄水安全鑒定和驗收，指導（）。指導水利建設市場的監(jiān)督管理和水利建設市場信用體系建設。

水土保持司

負責重大涉水違法事件的查處，協(xié)調和仲裁跨省、自治區(qū)、直轄市水事糾紛，指導（）和（）。依法負責水利行業(yè)安全生產工作，組織指導水庫、水電站大壩、農村水電站的安全監(jiān)管。指導水利建設市場的監(jiān)督管理，組織實施水利工程建設的監(jiān)督。

南水北調工程管理司

編制部門預算并組織實施，承擔財務管理和資產管理工作。組織提出中央水利財政資金安排建議，并統(tǒng)籌協(xié)調項目實施的監(jiān)督管理和績效評價。提出有關（）、信貸的建議。

擬訂節(jié)約用水政策，組織編制并協(xié)調實施節(jié)約用水規(guī)劃，組織指導（）工作。組織實施用水總量控制、用水效率控制、計劃用水和定額管理制度。指導和推動節(jié)水型社會建設工作。指導城市污水處理回用等非常規(guī)水源開發(fā)利用工作。